Специальный агент Дана Скалли укрывает от преследования спецслужб своего напарника Фокса Малдера. Попутно Скалли узнает природу возникновения её раковой опухоли, в то время как Малдер пытается найти для неё лекарство. Очередные последствия похищения Скалли всплывают в виде маленькой девочки Эмили, которая, судя по медицинским тестам, является её дочерью. В то же время Малдер и Скалли оказываются близки к раскрытию деятельности тайного синдиката, готовящего Землю к инопланетной колонизации...